Pascasarjana Institut Agama Islam Negeri Palopo berdiri dan mulai menerima mahasiswa baru pada tahun akademik 2012/2013. Gagasan pembukaan Pascasarjana IAIN Palopo pada dasarnya sudah direncanakan sejak lama, jauh sebelum institusi ini bertransformasi dan beralih status menjadi IAIN.
Dorongan untuk membuka Program Pascasarjana ini antara lain selalu dikemukakan oleh Pemerintah Kota Palopo yang dikemukakan setiap menghadiri acara formal di STAIN (seperti wisuda). Dalam hal ini Pemerintah Kota Palopo secara terbuka menyampaikan dukungannya apabila STAIN Palopo sudah membuka program Pascasarjana tersebut.
Dorongan untuk membuka Program Pascasarjana juga pernah dikemukakan oleh:
1.Dr. H. Nasaruddin Umar, MA (Wakil Menteri Agama RI, saat masih menjabat sebagai Direktur Jenderal Bimas Islam) ketika menyampaikan orasi ilmiah pada wisuda sarjana Tahun 2007:
2. H. Affandi Muchtar, MA (Sekretaris Ditjen Pendidikan Islam) saat menghadiri dan menyampaikan orasi ilmiah pada wisuda sarjana tahun 2008.
3. Dr. H. Machasin, MA (dalam kunjungan kerjanya ke STAIN Palopo tahun 2010, saat masih menjabat sebagai Direktur Perguruan Tinggi Islam).
Kebutuhan masyarakat akan adanya Program Pascasarjana terekam melalui penjaringan informasi dari masyarakat dan stakeholder. Dari situ diketahui bahwa ternyata ada harapan besar dan dukungan kuat dari beberapa pihak untuk pembukaan program pascasarjana di STAIN Palopo. Berdasarkan penjaringan informasi yang dilaksanakan, selanjutnya ditindaklanjuti dengan pengkajian pada rapat senat STAIN Palopo. Tahap selanjutnya apabila pembukaan program studi tersebut dianggap layak untuk dibuka, maka senat mengeluarkan rekomendasi kepada Ketua STAIN Palopo untuk menindaklanjuti dengan mengangkat tim penyusun proposal. Keputusan Senat STAIN Palopo perlu ditindaklanjuti lebih jauh dan bersifat segera, maka Ketua STAIN Palopo membentuk tim yang bertugas untuk mengecek data dengan terlibat langsung di masyarakat dan stakeholders untuk melihat kemungkinan prospek dan market share-nya.
Dalam hal ini tampak peran eksekutif kampus, SENAT, masyarakat, pemerintah, alumni, dan stakeholders lainnya. Keinginan ini mulai disegarkan kembali di era kepemimpinan Prof. Dr. H. M. Nihaya M, M.Hum (2010-2014), dengan membentuk sebuah tim ad hoc yang bertugas menyusun sebuah proposal usul pembukaan Pascasarjana dan mempersiapkan penyelenggaraan Program Pascasarjana.
Tim Pengusul Program Pascasarjana melakukan kunjungan langsung ke kantor-kantor Kementerian Agama se-Tanah Luwu (yang meliputi 1 kota otonom dan 3 kabupaten), serta bersilaturahmi dan audiens dengan pemerintah-pemerintah kota/kabupaten termasuk dengan Dinas-Dinas Pendidikannya. Kunjungan antara lain dimaksudkan mengumpulkan data tentang prospek raw input yang sekaligus bermanfaat dalam merumuskan market share, prospek lulusan, dan lain-lain. Dari hasil itu kunjungan silaturahmi dan audiens itu kemudian diperoleh data real tentang tingkat kebutuhan alumni Perguruan Tinggi Agama yang berkualifikasi Magister.
Berdasarkan informasi dari hasil kunjungan ke beberapa daerah yang merupakan kantor-kantor raw input yang potensial tersebut, maka Tim Pengusul segera menyusun proposal pembukaan program studi dan proposal pembukaan. Kedua Proposal tersebut diusulkan kepada Direktorat Jenderal Pendidikan Islam melalui Direktorat Pendidikan Tinggi Islam. Oleh karena kedua proposal tersebut dikaji pada Sub Direktorat yang berbeda, maka hasilnya pun berberda; proposal pembukaan program studi mendapat respon yang lebih dulu dengan terbitnya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.V1876 Tahun 2011 tanggal 29 Desember 2011. Adapun persetujuan izin kelembagaannya masih harus melalui proses panjang.
Pada tanggal 10 Februari 2012 Tim pengusul pembukaan program Pascasarjana bersama Pimpinan STAIN Palopo melakukan ekspose di depan tim panelis yang dibentuk oleh Direktorat Pendidikan Tinggi Islam. Berdasarkan rekomendasi panelis tersebut, maka Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam nomor 161 Tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Pascasarjana bagi STAIN Palopo.
Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam tersebut, maka pimpinan STAIN Palopo segera mempersiapkan peyelenggaraan program Pascasarjana, mulai dari penyiapan gedung dan bangunan beserta sarana pendukungnya, termasuk sumber daya manusia yang akan mengelolanya.
Pengelola Pascasarjana kemudian mempersiapkan rekruitmen calon mahasiswa. Dimulai dengan sosialisasi kemudian pendaftaran dan seleksi calon mahasiswa. Pada angkatan pertama, jumlah calon mahasiswa yang akan mengikuti program tercatat sebanyak 72 orang, namun yang dinyatakan layak untuk mengikuti program hanya 49 orang. Mereka itulah kemudian yang menjadi mahasiswa angkatan pertama Pascasarjana STAIN Palopo.
Memasuki awal tahun akademi 2012/2013, maka Pascasarjana STAIN Palopo siap memulai pembukaan program. Akhirnya pada 8 September 2012, Program Pascasarjana STAIN Palopo resmi dibuka Direktur Jenderal Pendidikan Islam, yang pada saat itu dijabat oleh Bapak Prof. Dr. H. Nur Syam, M.Si. Pada saat diresmikan, program studi yang dibuka adalah Program Studi Pendidikan Islam. Seiring terbitnya Peraturan Menteri Agama RI, Nomor 1429 Tahun 2012, maka nama program studi ini disesuaikan sehingga menjadi Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).
Dalam perkembangan selanjutnya, seiring dengan masa-masa akhir persiapan transformasi status kelembagaan STAIN Palopo menjadi IAIN dan komitmen Pimpinan STAIN Palopo untuk pengembangan institusi, maka pada tanggal 25 Februari 2015 Direktur Jenderal Pendidikan Islam kembali mempercayakan kepada Pascasarjana untuk membuka program studi baru, yaitu Manajemen Pendidikan Islam dan Hukum Keluarga (Ahkwal Syahsiyyah) melalui Surat Keputusan Nomor 1142 Tahun 2015.
Pada tahun 2021, Pascasarjana IAIN Palopo mendapatkan izin penyelenggaraan Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 1187 Tahun 2021 dan Program Studi Tadris Bahasa Inggris berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 1188 Tahun 2021. Setahun kemudian, terbit Keputusan Menteri Agama RI Nomor 475 Tahun 2022 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Ekonomi Syariah. Tiga prodi baru tersebut telah mendapat akreditasi minimun dari BAN-PT, yakni akreditasi BAIK.
Kini Pascasarjana IAIN Palopo mengelola enam program studi yaitu Pendidikan Agama Islam (PAI), Manajemen Pendidikan Islam (MPI), Hukum Keluarga (HK), Tadris Bahasa Inggris (TBI), Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI), dan Ekonomi Syariah. Jumlah mahasiswa aktif pada TA. 2023/2024 sebanyak 357 berdasar data pada Pangakalan Data Pendidikan Tinggi (PDDikti).
Pertanggal 4 Maret 2024 Pascasarjana IAIN Palopo telah menghasilkan alumni mencapai 515 orang. Alumni tersebut telah tersebar di kabupaten/kota di Indonesia. Selain itu, mereka juga telah terserap di berbagai instansi dan lembaga baik pemerintah maupun swasta. Para alumni berkiprah di berbagai instansi dan lembaga sesuai dengan bidang ilmunya.